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フィード

【Docker】仮想環境まわりのデータ形式の変換方法【Apptainer (Singularity)】
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仮想環境 (Docker など) まわりのデータ形式の変換コマンドをご紹介!
5ヶ月前

【シングルセル解析】クラスタリング樹形図を描画する方法【clustree】
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R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介!
8ヶ月前

【機械学習】乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する【Python】
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必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築!
1年前

【シングルセル解析】サンプル間で共通するマーカー遺伝子の検出方法
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シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!
2年前

TrimmomaticによるBGISEQデータのアダプター配列除去方法について
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BGIシーケンサーデータに対する問い合わせが増えてきたため、Trimmomaticを使ってアダプター配列除去を行う方法をお教えします。
2年前

Rパッケージの付属データの確認方法
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irisがおなじみ、Rの標準データセットや、インストールしたパッケージごとの付属データセットを確認する方法を紹介します。これで新しいパッケージの動作確認もらくらく!?
3年前

EBSeqの使い方(三群以上の多群比較)
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RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。
3年前

(Rで)ディレクトリやファイルのパスを扱う方法
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Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」
3年前

Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い
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scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。
3年前

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?
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エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます
3年前

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法
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scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!
3年前