アメリエフの技術ブログ

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【Linux】tmux入門
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ターミナル操作で便利なツールtmuxのご紹介
10日前
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ynukiの自己紹介
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2022年に入社したynukiの自己紹介文
20日前
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2023年度入社の hosor の自己紹介
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2023年に新卒入社した hosor の自己紹介
2ヶ月前
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2023年度入社のkutsuyでございます。
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2023年に中途入社したkutsuwadayの自己紹介編
3ヶ月前
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自己紹介【nakagawam】
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2024年に中途入社したnakagawamの自己紹介
4ヶ月前
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【Docker】仮想環境まわりのデータ形式の変換方法【Apptainer (Singularity)】
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仮想環境 (Docker など) まわりのデータ形式の変換コマンドをご紹介!
5ヶ月前
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【シングルセル解析】クラスタリング樹形図を描画する方法【clustree】
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R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介!
8ヶ月前
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【シングルセル解析】Seurat で公開データを読み込む方法 3 選
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Seurat で公開データを読み込む方法を 3 つご紹介!
9ヶ月前
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【機械学習】乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する【Python】
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必要最小限の Python スクリプトで、乳がんのデータセットから悪性か良性か予測する機械学習モデルを構築!
1年前
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【R】解析結果を保存しておく方法 3 選
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R で解析途中の結果を保存しておく方法 3 選!
1年前
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【R】染色体上の着目箇所を可視化
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染色体上の着目箇所を可視化する R パッケージ chromoMap についてご紹介!
1年前
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【R】ヒートマップのカラースケールの調整方法
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カラースケール調整に関する、ggplot2 の 3 つの関数についてご紹介!
1年前
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【シングルセル解析】各サンプルの細胞割合を積み上げ棒グラフで描画
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各クラスタや各サンプルの細胞割合を、積み上げ棒グラフで可視化する方法をご紹介!
1年前
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Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(4/4)
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nf-coreで公開されているNextflowパイプラインをカスタマイズする方法について解説
2年前
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Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(3/4)
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Nextflowを利用して、RNA-seqパイプラインを実行する方法について解説
2年前
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Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(2/4)
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Nextflowの基本的な使い方について解説
2年前
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Nextflowで始めるNGSデータ解析ワークフロー(1/4)
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バイオインフォマティクス解析で使用されるNextflow言語について解説
2年前
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【シングルセル解析】サンプル間で共通するマーカー遺伝子の検出方法
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シングルセル解析パッケージ Seurat の FindConservedMarkers() 関数を用いて、異なるサンプルで共通しているマーカー遺伝子を調べる方法について説明!
2年前
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TrimmomaticによるBGISEQデータのアダプター配列除去方法について
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BGIシーケンサーデータに対する問い合わせが増えてきたため、Trimmomaticを使ってアダプター配列除去を行う方法をお教えします。
2年前
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Reactome において第二階層のパスウェイを検索する方法
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Reactome のデータを使うことで、第二階層のパスウェイを検索する方法を紹介!
2年前
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Excelファイルをrcloneで転送する際に困った話
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rcloneを使ったExcelファイルの転送には注意が必要
3年前
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Rパッケージの付属データの確認方法
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irisがおなじみ、Rの標準データセットや、インストールしたパッケージごとの付属データセットを確認する方法を紹介します。これで新しいパッケージの動作確認もらくらく!?
3年前
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Volcano Plot を綺麗に描きたい
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R パッケージ EnhancedVolcanoを用いて、Volcano Plot を綺麗に描く方法をご紹介します。
3年前
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EBSeqの使い方(三群以上の多群比較)
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RNA-seqのデータから発現変動遺伝子(DEG)を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。
3年前
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Seurat や Monocle のプロットの配色を調べる
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Seurat と Monocle のプロットの配色について解説
3年前
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(Rで)ディレクトリやファイルのパスを扱う方法
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Rで最初から使える関数(base パッケージ)や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を2つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」
3年前
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Seuratのmerge関数とIntegrateData関数の違い
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scRNA-seq解析の定番であるSeuratを使った複数のデータセットを統合する手順〜IntegrateDataとmergeによる統合の違いを解説します。
3年前
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SandboxでSingularityコンテナを編集する方法
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SingularityコンテナをSandboxを使って編集する方法について
3年前
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「あさ会」を始めてみた。その効果は!?
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エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます
3年前
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Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法
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scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!
3年前