こんにちは、受託コンサルティングチームの hosor です。 Mountpoint for Amazon S3 は、Amazon S3 バケットを、Linux 上のディレクトリのように扱うことができるツールです。 通常、S3 とのファイルのやり取りは AWS CLI などの専用コマンド等を使う必要がありますが、Mountpoint を使えば、ls, cp, mv といった普段使っている Linux コマンドで S3 上のファイルを直接読み書きできるようになります。 本記事では、Mountpoint のインストールと簡単な使い方を紹介していきます。 解析環境 Ubuntu 22.04.5 LTS…

PythonのPandasライブラリで表形式データを効率的に操作する方法として、データ読み込み、表示、統計量取得など、データ解析の基礎を解説します。

R関連の技術書を実体験を交えて紹介します。初学者向けから中級者向けまで、Rの基本操作やtidyverse、データサイエンスの実践的な内容を網羅。学習スタイルやコマンド実行の工夫にも触れ、読者が自分に合った方法で継続できるよう丁寧にまとめています。

バイオインフォマティクスで便利な Linux コマンド 10 選。ファイル破損確認、圧縮ファイル閲覧、バックグラウンド実行など、作業効率化のコツを紹介します。

Windows上でのPythonとJupyter Notebookのセットアップや、BioPythonを導入してFASTA形式の塩基配列データを読み込む基本的な方法を解説します。

空間的遺伝子発現解析のうち、シーケンスベースの代表的なプラットフォーム (Visium, Visium HD, Stereo-seq) を解説します。

バイオインフォマティクスに役立つ技術書を実体験を交えて紹介します。LinuxやPythonの基礎から応用まで、初心者向けの書籍を中心にコメント付きで解説。言語選びや学習のコツも添え、気軽に学び続ける姿勢の大切さを伝えています。

空間的遺伝子発現解析は、組織内のどこで、どの遺伝子が機能しているかを明らかにする技術です。本記事では、その基本的な概念から、Visium や Xenium などを含めたプラットフォームの概要を説明します。

統計解析ソフトRでのデータハンドリング（データ取得、Rへの読み込み）から、Bioconductorのインストール方法まで解説します。

本記事では、前編で準備したairwayデータを用いて、**ORA（Over-Representation Analysis）とGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）**の実行例と可視化方法を紹介しています。RのclusterProfilerパッケージを中心に、enrichGOとgseGO関数を用いた解析を行い、enrichplotによる視覚的な解釈も丁寧に解説します。

統計解析ソフトRでのデータ操作と可視化を解説。関数電卓としての利用や、散布図・ヒストグラム作成の基礎を解説します。

本記事では、R環境でのGSEA（Gene Set Enrichment Analysis）解析の実践的な流れを、airwayパッケージの公開データを用いて丁寧に解説しています。ヒト気道平滑筋細胞に対するステロイド処理の有無による発現変動をDESeq2で解析し、その結果をもとにエンリッチメント解析の準備までを行います。

Pythonの統合開発環境JupyterLabのご紹介！

WindowsのWSL2（Windows Subsystem for Linux 2）とDockerを使用する人が直面しがちな「Cドライブの容量が突然ゼロになる」問題について、その原因と具体的な解決策を解説

バイオインフォマティクスを独学で学ぶ方に向け、統計解析ソフトRの各OSでの動作や実行環境の選び方、Rの基本をご紹介します。

仮想環境とは？仮想環境の利点、dockerの紹介と導入方法のご紹介

Windows PC上にLinux の仮想環境を作る WSL2（Windows Subsystem for Linux version 2）の導入方法をご紹介します！

Seuratを用いたシングルセル解析の可視化における凡例の操作方法についてご紹介！

シングルセル解析におけるクオリティコントロール (QC) の基本的な概念を解説！

2025年度入社kazsakの自己紹介

R と Python の選び方について、現役のバイオインフォマティシャンが解説！

Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。

ターミナル操作で便利なツールtmuxのご紹介

2022年に入社したynukiの自己紹介文

2023年に新卒入社した hosor の自己紹介

2023年に中途入社したkutsuwadayの自己紹介編

2024年に中途入社したnakagawamの自己紹介

仮想環境 (Docker など) まわりのデータ形式の変換コマンドをご紹介！

R パッケージ clustree を用いて、クラスタリング樹形図 (clustering tree) を描画する方法をご紹介！

Seurat で公開データを読み込む方法を 3 つご紹介！